Bepaalde gebeurtenissen kunnen diep ingrijpen in het leven van mensen. Een groot deel van de getroffenen ‘verwerken’ deze ervaringen op eigen kracht. Bij anderen ontwikkelen zich psychische klachten. Vaak gaat het om zich opdringende herinneringen aan de schokkende gebeurtenis, waaronder angstwekkende beelden (herbelevingen; ‘flashbacks’) en nachtmerries. Andere klachten die vaak voorkomen zijn schrik- en vermijdingsreacties. Als er aan bepaalde criteria wordt voldaan spreekt men van een ‘post traumatische stress-stoornis’ (PTSS).
Ofschoon PTSS nog steeds als het primaire indicatiegebied voor EMDR wordt beschouwd hebben de ervaringen met de toepassing van deze behandelmethode de afgelopen jaren laten zien dat het mogelijk is een grote verscheidenheid aan psychische aandoeningen en klachten te behandelen, die gepaard gaan met vermijdingsgedrag, somberheid en/of gevoelens van angst, schaamte, verdriet, schuld of boosheid. Uitgangspunt is telkens dat deze klachten zijn ontstaan als gevolg van een of meer beschadigende ervaringen. Daarmee worden gebeurtenissen bedoeld die dusdanige sporen hebben nagelaten in het geheugen van de persoon, dat hij of zij er nu nog steeds last van heeft. Voorbeelden daarvan zijn emotionele verwaarlozing, akelige ervaringen op medisch gebied, verlieservaringen, werkgerelateerde gebeurtenissen en andere schokkende, schaamtevolle of anderszins ingrijpende ervaringen. De belangrijkste insteek van de EMDR therapeut is de cliënt te helpen de herinneringen aan deze gebeurtenissen te verwerken, met de bedoeling daarmee de klachten te verminderen of te laten verdwijnen.